Program Studi Akuntansi di Politeknik Negeri Lhokseumawe mulai dibuka sejak lembaga ini masih menjadi bagian dari Politeknik Universitas Syiah Kuala (Unsyiah) pada akhir 1980-an. Setelah PNL menjadi institusi mandiri pada tahun 1997, Prodi Akuntansi terus berkembang di bawah Jurusan Administrasi Niaga.
Prodi ini didirikan untuk memenuhi kebutuhan tenaga akuntansi terampil di sektor industri, bisnis, dan pemerintahan, khususnya di wilayah Aceh. Saat ini, PNL menyelenggarakan pendidikan vokasi jenjang D3 dan Sarjana Terapan (D4) Akuntansi, dengan kurikulum yang berbasis praktik dan teknologi informasi serta mengacu pada standar akuntansi nasional.
